インボイス制度、2026年10月に何が変わるのか

2割特例が終わる。準備は済んでいるか

2023年10月のインボイス制度開始時に課税事業者に切り替えた人が頼ってきた「2割特例」。この経過措置が2026年9月30日を含む課税期間で終了する。

「売上の2割だけ納めればよかった」時代が終わるということだ。次の課税期間からは、簡易課税か本則課税のどちらかを選ばなければならない。届出を忘れると自動的に本則課税になり、事務負担が一気に増える。早めに動いて損はない。

2割特例とは何だったのか——おさらい

2割特例（正式名称：小規模事業者に係る税額控除に関する経過措置）は、インボイス制度の導入に伴い、免税事業者から新たに課税事業者となった事業者の負担を緩和するために設けられた制度です。

この特例を適用すると、消費税の納税額は「売上にかかる消費税額の2割」のみで済みました。つまり、年間売上（税込）が550万円の場合、消費税額50万円のうち納税額はわずか10万円です。

適用期間

• 2023年10月1日から2026年9月30日を含む課税期間まで
• 個人事業主の場合：2023年10月〜12月分から2026年1月〜12月分が対象
• 法人の場合：2026年9月30日を含む事業年度まで

適用条件

• インボイス制度をきっかけに免税事業者から課税事業者になった事業者
• 基準期間の課税売上高が1,000万円以下
• 事前届出は不要（確定申告時に選択可能）

2026年10月以降、何が変わるのか

2割特例の終了後、消費税の計算方法として選べる選択肢は大きく3つになります。事業者の種類（個人／法人）によって使える制度が異なるため、注意が必要です。

選択肢1：本則課税（原則課税）

売上にかかる消費税から、仕入・経費にかかる消費税を実額で差し引いて計算する原則的な方法です。

• 対象：すべての課税事業者
• メリット：仕入・経費が多い事業者は納税額を抑えられる
• デメリット：すべての取引について消費税区分を正確に記帳する必要があり、事務負担が大きい
• 届出：不要（デフォルトの計算方法）

選択肢2：簡易課税制度

売上の消費税額に、業種ごとの「みなし仕入率」を掛けて納税額を計算する方法です。実際の仕入額に関係なく、業種ごとに決まった割合で控除額が計算されます。

業種別みなし仕入率一覧：

• 対象：基準期間の課税売上高が5,000万円以下の事業者
• メリット：仕入の記帳が不要で事務作業が楽
• デメリット：実際の仕入が多い場合、本則課税より不利になることがある
• 届出：「消費税簡易課税制度選択届出書」の提出が必要

選択肢3：3割特例（個人事業主のみ）

2割特例の終了後、個人事業主に限り、新たな経過措置として「3割特例」が導入されます。

• 適用期間：2027年分・2028年分の2年間
• 納税額：売上にかかる消費税額の3割
• 対象：個人事業主のみ（法人は対象外）
• 届出：不要（確定申告時に選択可能）

負担額の比較シミュレーション

年間売上（税込）550万円、消費税額50万円、実際の仕入・経費の消費税額が15万円のフリーランス（サービス業・第5種）の場合：

このように、同じ売上でも計算方法によって最大25万円もの差が出ます。自分の事業内容と経費構造を踏まえたシミュレーションが欠かせません。

個人事業主が今すべき対応ステップ

ステップ1：自分の消費税計算方法を確認する（今すぐ）

まず、現在の確定申告で2割特例を使っているかどうかを確認してください。2割特例を使っていた場合、2027年分以降の計算方法を選択する必要があります。

ステップ2：3割特例と簡易課税を比較する（2026年中）

個人事業主には3割特例が2年間使えます。ただし、業種によっては簡易課税のほうが有利なケースもあります。

3割特例が有利なケース：

• サービス業（みなし仕入率50%）など、簡易課税の控除率が低い業種
• 仕入・経費が少ないビジネスモデル

簡易課税が有利なケース：

• 卸売業（みなし仕入率90%）や小売業（80%）など控除率が高い業種
• 実際の仕入が少なく、みなし仕入率のほうが実態より大きい業種

ステップ3：簡易課税を選ぶ場合は届出を提出する（期限厳守）

簡易課税制度を選択する場合、「消費税簡易課税制度選択届出書」を税務署に提出する必要があります。

• 原則の提出期限：適用したい課税期間の開始日の前日まで
• 個人事業主の場合：2027年分から適用するなら2026年12月31日まで
• 2割特例を利用していた事業者には特例的な届出期限が設けられている場合があるため、管轄税務署に確認

ステップ4：資金繰り計画を見直す（2026年中）

2割特例から3割特例や簡易課税に移行すると、消費税の納税額が増加します。前述のシミュレーション例では年間5〜25万円の負担増です。

• 納税用の資金を別口座に積み立てておく
• 消費税分を売上に上乗せできているか、取引先との契約条件を確認する
• 月次の資金繰り表に消費税の納税予定額を組み込む

ステップ5：2029年以降の計画を立てる（2028年中）

3割特例は2028年分で終了します。2029年以降は本則課税か簡易課税の二択になるため、それまでに最適な方法を決定しておく必要があります。

法人（一人社長）が今すべき対応ステップ

法人は3割特例の対象外です。そのため、2割特例の終了直後から、本則課税か簡易課税のいずれかを選択することになります。

ステップ1：事業年度の終了日を確認する

法人の場合、2割特例が使えるのは「2026年9月30日を含む事業年度」までです。

• 3月決算法人：2026年4月〜2027年3月期から2割特例が使えなくなる（2025年4月〜2026年3月期が最後）
• 12月決算法人：2027年1月〜12月期から使えなくなる
• 9月決算法人：2026年10月〜2027年9月期から使えなくなる

ステップ2：簡易課税の届出期限を確認する

法人が簡易課税を選択する場合、適用を受けたい事業年度の開始日の前日までに届出が必要です。

ステップ3：顧問税理士と早期にシミュレーションを行う

法人は3割特例がないぶん、本則課税と簡易課税のどちらが有利かを正確にシミュレーションすることが重要です。

クラウド会計ソフトでの対応方法

2割特例の終了に伴い、消費税の計算設定を変更する必要があります。主要なクラウド会計ソフトの対応状況をまとめます。

freee会計

• 設定画面の「消費税の設定」から計算方法を変更可能
• 簡易課税を選択する場合は、事業区分の設定も必要
• インボイス制度対応の帳票出力機能あり
• スタータープランは消費税申告に非対応。スタンダードプラン以上が必要（年額23,760円〜/税抜）

マネーフォワード クラウド会計

• 「事業者情報」から消費税の計算方法を設定変更
• 本則課税・簡易課税の自動計算に対応
• パーソナルミニプランでは消費税申告に制限あり。パーソナルプラン以上を推奨（年額15,360円〜/税抜）

弥生（やよいの青色申告オンライン／弥生会計 Next）

• 「消費税設定」から計算方式を変更
• 簡易課税の業種区分別計算に対応
• 全プランで消費税申告に対応
• セルフプラン年額11,800円〜（税抜）

いずれのソフトも、設定変更は数分で完了します。ただし、設定変更後は過去データに影響しないか、必ず確認してください。

クラウド会計ソフトの選び方について詳しくは「一人社長のためのクラウド会計ソフト比較」をご参照ください。

経過措置の変更点まとめ

インボイス制度には、2割特例以外にも複数の経過措置が設けられています。2026年10月以降の変更点を整理します。

免税事業者からの仕入に関する経過措置

課税事業者が免税事業者から仕入を行った場合の仕入税額控除の経過措置にも変更があります。

外注先に免税事業者がいる場合、2026年10月以降は仕入税額控除の割合が80%から50%に縮小されます。これにより、自社の消費税負担が増加する可能性があるため、外注先のインボイス登録状況を確認しておくことが重要です。

届出書類チェックリスト

対応に必要な届出書類を一覧にまとめます。

届出書は国税庁のウェブサイトからダウンロードできます。e-Taxでの電子提出も可能です。

請求書発行の自動化について詳しくは「フリーランスの請求書発行を完全自動化する方法」をご参照ください。

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よくある質問

Q1. 2割特例の終了後、届出をしなかったらどうなりますか？

届出をしなかった場合、自動的に本則課税が適用されます。本則課税では、すべての仕入・経費について消費税区分を正しく記帳する必要があるため、事務負担が大きくなります。簡易課税のほうが有利な場合は、必ず期限内に届出を提出してください。

Q2. 3割特例を使いながら、同時に簡易課税の届出を出しておくことはできますか？

はい、可能です。3割特例は確定申告時に選択するものなので、あらかじめ簡易課税の届出を提出しておき、確定申告時に3割特例のほうが有利であれば3割特例を選択する、という対応ができます。

Q3. 簡易課税を一度選択したら、すぐに本則課税に戻れますか？

簡易課税を選択した場合、原則として2年間は継続する必要があります。途中で本則課税に変更することはできません。選択前に十分なシミュレーションを行ってください。

Q4. IT導入補助金を使って会計ソフトを導入できますか？

IT導入補助金の対象としてクラウド会計ソフトが認められているケースがあります。補助金を活用すれば導入コストを大幅に削減できます。詳しくは「IT導入補助金の申請方法」をご参照ください。

Q5. 免税事業者に戻ることはできますか？

基準期間の課税売上高が1,000万円以下であれば、「適格請求書発行事業者の登録の取消しを求める届出書」と「消費税課税事業者選択不適用届出書」を提出することで、免税事業者に戻ることが可能です。ただし、取引先がインボイスを求めている場合、取引への影響を慎重に検討する必要があります。

まとめ：準備は2026年中に完了させる

2割特例の終了は、インボイス制度がいよいよ「本格運用」に入ることを意味します。対応を先延ばしにすると、届出期限の超過や想定外の税負担につながるリスクがあります。

今すぐ着手すべきことリスト：

1. 現在の消費税計算方法を確認する
2. 本則課税・簡易課税・3割特例（個人のみ）の税額をシミュレーションする
3. 簡易課税を選択する場合は届出書を準備する
4. クラウド会計ソフトの消費税設定を確認する
5. 納税資金の積立計画を立てる

不明点がある場合は、顧問税理士や管轄税務署に早めに相談するのがおすすめです。制度変更のたびに振り回されるのではなく、事前に準備を整えて、本業に集中できる環境を作ることが大切です。